反滲透純水設備運行一段時間后，仍會面臨微生物污染問題，為了恢復系統性能，需對反滲透系統進行化學清洗。

化學清洗劑主要有EDTA 鈉鹽、甲醛、戊二醛、十二烷基苯磺酸鈉、乙二胺四乙酸鈉等。

某熱力廠鍋爐補充水系統采用的殺滅微生物的化學清洗方案為0.2%的EDTA 二鈉鹽，加0.1%的氫氧化鈉將溶液調節pH 值至12，對反滲透純水設備進行化學清洗，再用0.1%的甲醛溶液進行清洗，再經過有機物污染、無機鹽結垢的化學清洗程序后，性能恢復到運行初期水平。

某電廠使用1%的EDTA 四鈉鹽與0.05%的十二烷基苯磺酸鈉，加堿調節pH 值至12 左右，對反滲透純水設備進行循環清洗，然后經過較長時間的浸泡，能夠除去膜元件的有機物及微生物污染。

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