反滲透純水設備的正常運行中，會有一定的啟動和關閉頻率，當膜系統停機時，要用其采出水或預處理后的合格水進行低壓沖洗，以替換膜元件中含有阻垢劑的高濃度濃縮水。

或者采取措施防止由于系統中的水泄漏而引入空氣，因為如果部件由于水損失而干燥，則可能發生不可逆的水通量損失。

如果停機時間小于24小時，則無需采取措施防止微生物滋生。但是，如果停機時間超過上述規定，則應使用保護溶液進行系統儲存或定期沖洗膜系統。