反滲透純水系統如果按連續運行設計的，那么在實際運行中，也會有不同頻率的啟停。在膜系統停運時，要用其采出水或預處理合格的水進行低壓沖洗，來替代膜元件中高濃度但含有阻垢劑的濃水，還應考慮不要因系統漏水而引入空氣，因為如果部件失水和干燥，可能會發生不可逆的產水通量損失。

如果機器停機24小時，沒有必要采取措施。但是如果停機時間超過上述規定，則應使用保護溶液儲存系統或定期沖洗膜系統，減少因設備的啟動而造成對設備的影響。