在配置高純度的化學試劑時，盡量不要使用長時間水箱中存放的超純水，因為水箱中經長時間使用后，會因雜質、微生物的污染而造成水質的劣化，像這種水，在使用時已經不再是超純水。

水箱請勿放置在日光直射處，水溫上升，容易造成微生物繁殖。特別是半透明水箱，也會因為日光通透而造成藻類繁殖。

超純水取水時一定要將初期的出水放掉，以獲得穩定的水質。取水時讓超純水順著容器側壁流入，盡量不要讓氣泡產生，可降低空氣污染。

請不要在終端過濾器后再連接軟管，使用直接取水的方式才能獲得純度高的超純水。長時間不用純水時，應將壓力水箱中的超純水全部放掉以防止污染。

其實超純水一般情況下不建議取水做保存，因為超純水中本身不含有任何離子或氣體之類的物質，一旦與空氣接觸， 就會產生污染，影響高純水水質，所以即取即用的方式是很合適的。超純水設備若長時間不使用，再次使用時應把初期純水充分放掉以確保水質。原則上，超純水設備應至少每7—10天通水一次，以防止微生物污染。

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