反滲透純水設備在運行中，也是會遇到諸如暫停設備或是長期停運的一種情況，如果是這樣的話，要做的是先停了高壓泵，關閉相應的劑量加藥系統和預處理系統。

反滲透純水設備系統停止后，要盡快沖洗系統，沖洗反滲透中的濃水。如果是短時間的停機，需要保存在RO膜系統壓力容器超過5-30天。同時，氣體從系統中排出，壓力容器及相關管路充滿水，相關閥門關閉。門，阻止氣體進入系統。

如果是長期停機，就要使用清洗系統停止它和其他保護措施，從反滲透濃縮水排放采樣和檢測，當甲醛含量達到0.5%時，水泵就可以停止。

當反滲透設備再投資，系統0.5-1h應該打開低壓輸水灌溉系統0.5-1h后高壓水沖洗系統5～10min，無論低壓或高壓沖洗。在恢復系統正常運行之前，請檢查并確認該產品沒有殺菌劑。

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