一般情況下，當標準化通量下降10～15%時，或系統脫鹽率下降10～15%，或操作壓力及段間壓差升高10～15%，應清洗RO系統。清洗頻度與系統預處理程度有直接的關系，當SDI15＜3時，清洗頻度可能為每年4次；當SDI15在5左右時，清洗頻度可能要增加清洗頻度取決于每一個項目現場的實際情況。

在許多進水條件下，采用離子交換樹脂或反滲透在技術上均可行，工藝的選擇則應由經濟性比較而定，一般情況下，含鹽量越高，反滲透就越經濟，含鹽量越低，離子交換就越經濟。由于反滲透技術的大量普及，采用反滲透＋離子交換工藝或多級反滲透或反滲透＋其它深度除鹽技術的組合工藝已經成為公認的技術與經濟較為合理的水處理方案。

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