反滲透設備在使用過程中，除了性能的正常衰減外，由于污染而引起設備性能的衰減為嚴重。通常的污染主要有化學垢，有機物及膠體污染，微生物污染等。不同的污染表現出的癥狀是不同的。

反滲透設備膜元件的污染往往不是單一的，其表現的癥狀也有差別，使得污染的鑒別變得困難。鑒別污染類型要綜合原水水質，設計參數，污染指數，運行記錄，設備性能變化及微生物指標等加以判斷：

1、微生物污染：發生微生物污染時，反滲透設備的透過水和濃縮水中的細菌總數都比較高，平時沒有按要求進行保養和消毒。

2、膠體污染：發生膠體污染時，通常伴隨著以下兩個特性：

① 前處理中微濾器堵塞得很快，壓差增加很快。

② SDI值通常在2.5以上。

3、鈣垢：可依據原水水質及設計參數進行判斷。對碳酸鹽型水而言，如果回收率為75%時，設計時投加了阻垢劑，濃縮液的LSI應小于1；不投加阻垢劑時濃縮液的LSI應小于零，一般不會產生鈣垢。可用1/4英寸的PVC塑料管放入反滲透設備組件中測試不同部位的性能變化進行判斷。

4、對清洗液進行化學分析：取原水、清洗原液、清洗液，三個樣分析。

在確認了污染的類型后，可按相對應的方法清洗，然后消毒使用。在不能確認污染的類型時，通常采用清洗+消毒+0.1%HCl（pH為3）的步驟清洗。

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