反滲透設備在運行一段時間后，不管是儲水箱，還是膜元件的地方，在其表面會沉積一些污垢和細菌之類的，所以，還要不定期的對設備的沉積污垢的地方進行重復的清洗。

在反滲透設備運行中，因為生產的原因，反滲透設備經常需要停運，這會對反滲透膜性能造成影響，嚴重情況下會致性能喪失，不可恢復。

在短期內，可以通過低壓洗滌直接減少。因為長時間使用會造成設備污染，導致設備故障。定期使用低壓沖洗技術清洗設備表面污垢。需要留意的是，沖洗水的溫度不太低，否則會影響反滲透膜，造成膜的劣化。長期停運要用殺菌劑進行清洗和保護。

反滲透設備的工藝常見的有以下幾種：

工藝一：石英砂+活性炭+軟化+保安過濾器+反滲透設備主機

工藝二：石英砂+活性炭+阻垢系統+保安過濾器+反滲透設備主機

工藝三：絮凝沉降+石英砂+活性炭+阻垢系統+保安過濾器+反滲透設備主機

工藝四：石英砂+活性炭+軟化+保安過濾器+反滲透裝置+臭氧滅菌/紫外線殺菌。

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