為了保障藥品的安全衛生，制藥反滲透設備的清洗也是很重要的，應遵循以下原則：

1、有明確的制藥反滲透設備洗滌方法和洗滌周期。

2、某些可移動的設備可移到清洗區進行清洗、消毒和滅菌。

3、無菌設備的清洗，主要是直接接觸藥品的部位和部件須滅菌，并標明滅菌日期，需要時要進行微生物學的驗證。經滅菌的設備應在三天內使用。

4、同一設備連續加工同一無菌產品時，每批之間要清洗滅菌；同一設備加工同一非滅菌產品時，至少每周或每生產三批后進行清洗。

5、制藥反滲透設備清洗過程及清洗后檢查的有關數據，要有記錄并保存。

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